カモジグサ属としていたが、エゾムギ属に入れられるようになった。葉は白緑色で、長さ15〜25cm、幅0.5〜1cmの線形。花序は弓なりに曲がり、長さ15〜25cmの穂状。小穂は白緑色でやや紫色を帯び、長さ14〜17mm、小花5〜8個をもつ。第1苞穎は長さ約5mm、第2苞穎は長さ約8mm。護頴(外花頴)は無毛、先が芒(のぎ)になり、芒の長さ2〜3cm、普通、赤褐色。護穎と内穎(内花頴)の長さはほぼ同長のため護頴を内頴側から見ると芒しか見えない。果実は長さ約5mm、淡黄色。
アオカモジグサは護頴に毛があり、護頴より内頴の長さが短い。まれに護頴に毛のないものもあるが、護頴の毛も見分けるポイントとなる。