茎は4綾形で、赤味を帯びることが多く、直立し、よく枝分かれする。茎の綾には下向きの白毛が密生し、面には細毛があり、腺点も散生する。葉は対生し、長さ2～4㎝、幅1～2.5㎝の狭卵形～卵形で、縁に6～13対のやや鈍い鋸歯がある。葉裏に黄色の腺点が密生し、葉の表にもはっきりした腺点がある。花序は総状で、花が2個の仮輪が多数つく。花冠は長さ約4㎜の紅紫色の唇形花。萼は上下に分かれ、下側は2裂、上側は3裂し、上萼歯の先もやや鋭くとがる。萼や花序軸などにも腺点が多い。果実は4分果。分果は灰褐色、長さ約1㎜、隆起する網目がある。
白花のものはシロバナイヌコウジュという。
ヒメジソとよく似ていて混同しやすい。ヒメジソは葉の縁の鋸歯が4～8対と少なく、やや明瞭で、葉の長さがやや短く、卵形～広卵形である。また、上萼歯の先が鈍いことが多い。しかし、葉の鋸歯などの葉の形状や上萼歯の形状だけでは判別が難しいことも多い。これらのほかに注目する点は次のとおり。①色 イヌコウジュは全体に赤味を帯び、花も赤味が強く、紅紫色である。②臭い イヌコウジュは臭いが強く、葉裏や萼に黄色の腺点が密につき、葉の表にも黄色の腺点がある。ヒメジソは腺点が白く、葉裏につく密度も少なく、葉の表には腺点がない。③毛 イヌコウジュは茎の綾の毛だけでなく、面にも細毛がある。
