葉は互生し、長柄があり、三角状卵形〜菱状卵形で、基部は楔形になることは少なく、やや楔形のほぼ切形。葉先は鈍頭で、少し凹む場合もある（下の写真）。茎頂に分岐した花序をつける。花序の枝先が上を向いてとがるのが特徴。ホナガイヌビユと名がつけられているが、初期には花序が短いものが普通である。胞果は表面に、はっきりしたしわがあり、熟すと淡褐色〜褐色になり硬くなる。胞果は花被片よりやや長く、小苞は小さく目立たない。種子は直径約1mmの黒い円盤状で、表面の光沢は他のヒユに比べ鈍い。
　イヌビユは葉先が大きく凹むことで、知られており、葉先だけに注目すると、ホナガイヌビユの葉先の凹みがはっきりしたものと誤認しやすいので注意が必要。葉の基部や花序の形にも注意。