細い根茎を伸ばす。茎は普通、分枝しない。葉は長さ4〜7�p、幅2〜3�pで、先がとがる。茎の先に小さな白色の花を1〜2個、横向きから下向きに付ける。花被片は長さ1.2〜1.6�pの披針形で、6個。花柱は子房の長さのほぼ2倍あり、先が短く3裂して反り返る。雄しべ6個。花糸は扁平、下方の幅が広い。液果は直径約1�p、黒く熟す。
　分枝するものをエダウチチゴユリといい、変種とされていたが、最近では分類しないことも多い。
　ホウチャクソウは葉脈が目立ち、花が筒形で、下向きに垂れ下がる。
　チゴユリとホウチャクソウの雑種をホウチャクチゴユリといい、茎や葉はホウチャクソウに似て、花がチゴユリに似ているが、垂れ下がる。
　オオチゴユリは大型で、よく分枝し、子房が球形で大きく緑色、花柱と子房が同長であり、花柱が深く3裂して反り返る。