和名の由来は小穂が萌黄（もえぎ）色であることから。茎は直立し、3稜形で、ざらつく。基部の鞘は褐色の繊維状。葉は幅3〜5�oの線形。小穂は3〜5個上部に固まって、ほとんど接してつく。雄小穂、雌小穂ともに長さ1〜3cm。雄小穂の鱗片は質が厚く、鈍頭で、軸に圧着する。果胞は長さ3〜3.5mmで、多数の縦脈があり、有毛、頂部は嘴状に尖る。果実は頭の先が環状に膨れる。
　ヒメモエギスゲは雄小穂が細く、雌小穂はモエギスゲよりやや離れてつく。また、雄小穂の鱗片がコップ状になるのが特徴である。