食用、油用に栽培されているものが逸出している。全草に特有の臭いがある。
茎は4稜形、長い下向きの軟毛が密生又はまばらに生える。葉は対生し、広卵形で、長柄がある。葉質はやや厚い膜質。葉の基部は広い楔形で鋸歯はなく、鋸歯が丸みを帯びることが多い。葉裏には黄色い腺点がある。苞は緑色〜紅紫色、卵形〜広卵形で、花序下部の苞は横幅が狭い。花序は枝先につき、2花の仮輪からなり、長い。花冠は白色、まれに淡紅色。萼は釣鐘形で、先が5分裂し、果期にはやや大きくなり、長さ約8mm。萼筒には長毛が密生し、黄色の腺点がある。果実は4分果であり、分果は長さ1.5〜2mmの球形、網目模様がある。
レモンエゴマは在来種であり、強いレモン様の臭いがある。エゴマ、レモンエゴマ、シソは容易に交雑が起き、中間型など様々な形態のものがあるといわれている。